1、項目立項：對研發(fā)項目資料的歸集和整理如立項決議書，項目計劃書，編制項目研究開發(fā)人員名單，研發(fā)項目效用情況說明以及研發(fā)成果報告、可行性研究報告，項目概算、相關(guān)制度辦法等資料的歸集和整理
2、項目確認：是否符合國高技術(shù)領(lǐng)域和發(fā)改委等部門公布的《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點領(lǐng)域指南》規(guī)定項目。有分歧：提供地市以上科技部門認定意見。
3.1研發(fā)費用歸集法律依據(jù)
116號第九條 企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機構(gòu)或企業(yè)研發(fā)機構(gòu)同時承擔生產(chǎn)經(jīng)營任務(wù)的，應(yīng)對研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用分開進行核算，準確、合理的計算各項研究開發(fā)費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
116號第十條 企業(yè)必須對研究開發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額。企業(yè)應(yīng)于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務(wù)機關(guān)報送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料。申報的研究開發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發(fā)費用加計扣除，主管稅務(wù)機關(guān)有權(quán)對企業(yè)申報的結(jié)果進行合理調(diào)整。
企業(yè)在一個納稅年度內(nèi)進行多個研究開發(fā)活動的，應(yīng)按照不同開發(fā)項目分別歸集可加計扣除的研究開發(fā)費用額。
3.2研究開發(fā)費用的歸集
企業(yè)應(yīng)對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進行歸集，并填寫附2《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》中的“五、企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表”。
企業(yè)應(yīng)按照樣表設(shè)置高新技術(shù)企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關(guān)憑證及明細表，并按《工作指引》要求進行核算。
4.加計扣除是指在企業(yè)所得稅年度納稅申報時，企業(yè)對已經(jīng)登記的研發(fā)項目所發(fā)生的研發(fā)費用，備案后享受稅法規(guī)定的研發(fā)費用加計扣除優(yōu)惠政策。
企業(yè)實際發(fā)生的研究開發(fā)費，在年度中間預(yù)繳所得稅時，允許據(jù)實計算扣除，在年度終了進行所得稅年度申報和匯算清繳時，再依照本辦法的規(guī)定計算加計扣除。（國稅發(fā)[2008]116號）
關(guān)于技術(shù)開發(fā)費的加計扣除形成的虧損的處理企業(yè)技術(shù)開發(fā)費加計扣除部分已形成企業(yè)年度虧損，可以用以后年度所得彌補，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。（國稅函【2009】98號 國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干稅務(wù)事項銜接問題的通知 ）
2、項目確認：是否符合國高技術(shù)領(lǐng)域和發(fā)改委等部門公布的《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點領(lǐng)域指南》規(guī)定項目。有分歧：提供地市以上科技部門認定意見。
3.1研發(fā)費用歸集法律依據(jù)
116號第九條 企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機構(gòu)或企業(yè)研發(fā)機構(gòu)同時承擔生產(chǎn)經(jīng)營任務(wù)的，應(yīng)對研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用分開進行核算，準確、合理的計算各項研究開發(fā)費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
116號第十條 企業(yè)必須對研究開發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額。企業(yè)應(yīng)于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務(wù)機關(guān)報送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料。申報的研究開發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發(fā)費用加計扣除，主管稅務(wù)機關(guān)有權(quán)對企業(yè)申報的結(jié)果進行合理調(diào)整。
企業(yè)在一個納稅年度內(nèi)進行多個研究開發(fā)活動的，應(yīng)按照不同開發(fā)項目分別歸集可加計扣除的研究開發(fā)費用額。
3.2研究開發(fā)費用的歸集
企業(yè)應(yīng)對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進行歸集，并填寫附2《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》中的“五、企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表”。
企業(yè)應(yīng)按照樣表設(shè)置高新技術(shù)企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關(guān)憑證及明細表，并按《工作指引》要求進行核算。
4.加計扣除是指在企業(yè)所得稅年度納稅申報時，企業(yè)對已經(jīng)登記的研發(fā)項目所發(fā)生的研發(fā)費用，備案后享受稅法規(guī)定的研發(fā)費用加計扣除優(yōu)惠政策。
企業(yè)實際發(fā)生的研究開發(fā)費，在年度中間預(yù)繳所得稅時，允許據(jù)實計算扣除，在年度終了進行所得稅年度申報和匯算清繳時，再依照本辦法的規(guī)定計算加計扣除。（國稅發(fā)[2008]116號）
關(guān)于技術(shù)開發(fā)費的加計扣除形成的虧損的處理企業(yè)技術(shù)開發(fā)費加計扣除部分已形成企業(yè)年度虧損，可以用以后年度所得彌補，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。（國稅函【2009】98號 國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干稅務(wù)事項銜接問題的通知 ）
