（一）認定
1．自我評價。企業(yè)應對照《認定辦法》第十條進行自我評價。認為符合條件的在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”（網(wǎng)址：www.innocom.gov.cn）進行注冊登記。
2．注冊登記。企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，按要求填寫《企業(yè)注冊登記表》（附1），并通過網(wǎng)絡系統(tǒng)上傳至認定機構(gòu)。
認定機構(gòu)應及時完成企業(yè)身份確認并將用戶名和密碼告知企業(yè)。
3．準備并提交材料。企業(yè)根據(jù)獲得的用戶名和密碼進入網(wǎng)上認定管理系統(tǒng)，按要求將下列材料提交認定機構(gòu)：
（1）《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》（附2）；
（2）企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、稅務登記證書（復印件）；
（3）經(jīng)具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用（實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入專項審計報告；
（4）經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務報表（含資產(chǎn)負債表、利潤及利潤分配表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）；
（5）技術(shù)創(chuàng)新活動證明材料，包括知識產(chǎn)權(quán)證書、獨占許可協(xié)議、生產(chǎn)批文，新產(chǎn)品或新技術(shù)證明（查新）材料、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告，省級（含計劃單列市）以上科技計劃立項證明，以及其他相關(guān)證明材料。
4．組織審查與認定
（1）認定機構(gòu)收到企業(yè)申請材料后，按技術(shù)領(lǐng)域從專家?guī)熘须S機抽取不少于5名相關(guān)專家，并將電子材料（隱去企業(yè)身份信息）通過網(wǎng)絡工作系統(tǒng)分發(fā)給所選專家。
（2）認定機構(gòu)收到專家的評價意見和中介機構(gòu)的專項審計報告后，對申請企業(yè)提出認定意見，并確定高新技術(shù)企業(yè)認定名單。
上述工作應在收到企業(yè)申請材料后60個工作日內(nèi)完成。
5．公示及頒發(fā)證書
經(jīng)認定的高新技術(shù)企業(yè)，在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定機構(gòu)對有關(guān)問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術(shù)企業(yè)資格；公示無異議的，填寫高新技術(shù)企業(yè)認定機構(gòu)審批備案匯總表，報領(lǐng)導小組辦公室備案后，在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告認定結(jié)果，并由認定機構(gòu)頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。具體認定流程如下圖所示：
6.高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起生效，有效期為三年。
（二）復審
1．高新技術(shù)企業(yè)資格期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應提出復審申請（復審申請書同附2），不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。
2．高新技術(shù)企業(yè)復審須提交近三個會計年度開展研究開發(fā)等技術(shù)創(chuàng)新活動的報告，經(jīng)具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)出具的近三個會計年度企業(yè)研究與開發(fā)費用、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入專項審計報告。
復審時應對照《認定辦法》第十條進行審查，重點審查第（四）款。對符合條件的企業(yè)，按照第十一條（四）款進行公示與備案，并由認定機構(gòu)重新頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。
通過復審的高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”之日起有效期為三年。有效期滿后，企業(yè)再次提出認定申請的，按初次申請辦理。
（三）申請享受稅收政策
1.認定（復審）合格的高新技術(shù)企業(yè)，自認定（復審）當年起可依照《企業(yè)所得稅法》及《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》（以下稱《實施條例》）、《中華人民共和國稅收征收管理法》（以下稱《稅收征管法》）、《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（以下稱《實施細則》）和《認定辦法》等有關(guān)規(guī)定，申請享受稅收優(yōu)惠政策。
2.未取得高新技術(shù)企業(yè)資格或不符合《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》、《稅收征管法》及其《實施細則》，以及《認定辦法》等有關(guān)規(guī)定條件的企業(yè)，不得享受稅收優(yōu)惠。
（四）復核
對高新技術(shù)企業(yè)資格及其相關(guān)稅收政策落實產(chǎn)生爭議的，凡屬于《認定辦法》第十四條、第十五條情況的企業(yè)，按《認定辦法》規(guī)定辦理；屬于對是否符合第十條（四）款產(chǎn)生爭議的，應組織復核，即采用企業(yè)自認定前三個會計年度（企業(yè)實際經(jīng)營不滿三年的，按實際經(jīng)營時間）至爭議發(fā)生之日的研究開發(fā)費用總額與同期銷售收入總額之比是否符合《認定辦法》第十條（四）款規(guī)定，判別企業(yè)是否應繼續(xù)保留高新技術(shù)企業(yè)資格和享受稅收優(yōu)惠政策。
1．自我評價。企業(yè)應對照《認定辦法》第十條進行自我評價。認為符合條件的在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”（網(wǎng)址：www.innocom.gov.cn）進行注冊登記。
2．注冊登記。企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，按要求填寫《企業(yè)注冊登記表》（附1），并通過網(wǎng)絡系統(tǒng)上傳至認定機構(gòu)。
認定機構(gòu)應及時完成企業(yè)身份確認并將用戶名和密碼告知企業(yè)。
3．準備并提交材料。企業(yè)根據(jù)獲得的用戶名和密碼進入網(wǎng)上認定管理系統(tǒng)，按要求將下列材料提交認定機構(gòu)：
（1）《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》（附2）；
（2）企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、稅務登記證書（復印件）；
（3）經(jīng)具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用（實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入專項審計報告；
（4）經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務報表（含資產(chǎn)負債表、利潤及利潤分配表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）；
（5）技術(shù)創(chuàng)新活動證明材料，包括知識產(chǎn)權(quán)證書、獨占許可協(xié)議、生產(chǎn)批文，新產(chǎn)品或新技術(shù)證明（查新）材料、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告，省級（含計劃單列市）以上科技計劃立項證明，以及其他相關(guān)證明材料。
4．組織審查與認定
（1）認定機構(gòu)收到企業(yè)申請材料后，按技術(shù)領(lǐng)域從專家?guī)熘须S機抽取不少于5名相關(guān)專家，并將電子材料（隱去企業(yè)身份信息）通過網(wǎng)絡工作系統(tǒng)分發(fā)給所選專家。
（2）認定機構(gòu)收到專家的評價意見和中介機構(gòu)的專項審計報告后，對申請企業(yè)提出認定意見，并確定高新技術(shù)企業(yè)認定名單。
上述工作應在收到企業(yè)申請材料后60個工作日內(nèi)完成。
5．公示及頒發(fā)證書
經(jīng)認定的高新技術(shù)企業(yè)，在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定機構(gòu)對有關(guān)問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術(shù)企業(yè)資格；公示無異議的，填寫高新技術(shù)企業(yè)認定機構(gòu)審批備案匯總表，報領(lǐng)導小組辦公室備案后，在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告認定結(jié)果，并由認定機構(gòu)頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。具體認定流程如下圖所示：
6.高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起生效，有效期為三年。
（二）復審
1．高新技術(shù)企業(yè)資格期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應提出復審申請（復審申請書同附2），不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。
2．高新技術(shù)企業(yè)復審須提交近三個會計年度開展研究開發(fā)等技術(shù)創(chuàng)新活動的報告，經(jīng)具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)出具的近三個會計年度企業(yè)研究與開發(fā)費用、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入專項審計報告。
復審時應對照《認定辦法》第十條進行審查，重點審查第（四）款。對符合條件的企業(yè)，按照第十一條（四）款進行公示與備案，并由認定機構(gòu)重新頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。
通過復審的高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)“高新技術(shù)企業(yè)證書”之日起有效期為三年。有效期滿后，企業(yè)再次提出認定申請的，按初次申請辦理。
（三）申請享受稅收政策
1.認定（復審）合格的高新技術(shù)企業(yè)，自認定（復審）當年起可依照《企業(yè)所得稅法》及《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》（以下稱《實施條例》）、《中華人民共和國稅收征收管理法》（以下稱《稅收征管法》）、《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（以下稱《實施細則》）和《認定辦法》等有關(guān)規(guī)定，申請享受稅收優(yōu)惠政策。
2.未取得高新技術(shù)企業(yè)資格或不符合《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》、《稅收征管法》及其《實施細則》，以及《認定辦法》等有關(guān)規(guī)定條件的企業(yè)，不得享受稅收優(yōu)惠。
（四）復核
對高新技術(shù)企業(yè)資格及其相關(guān)稅收政策落實產(chǎn)生爭議的，凡屬于《認定辦法》第十四條、第十五條情況的企業(yè)，按《認定辦法》規(guī)定辦理；屬于對是否符合第十條（四）款產(chǎn)生爭議的，應組織復核，即采用企業(yè)自認定前三個會計年度（企業(yè)實際經(jīng)營不滿三年的，按實際經(jīng)營時間）至爭議發(fā)生之日的研究開發(fā)費用總額與同期銷售收入總額之比是否符合《認定辦法》第十條（四）款規(guī)定，判別企業(yè)是否應繼續(xù)保留高新技術(shù)企業(yè)資格和享受稅收優(yōu)惠政策。
